El Director dirige la AVPD y ostenta su representación. En su ámbito interno, ejerce la dirección, coordinación y control de todas las unidades administrativas, correspondiéndole dictar las resoluciones, instrucciones y recomendaciones que requiera el ejercicio de las funciones de la AVPD.
Ejerce sus funciones con plena independencia y objetividad. No esta sujeto a instrucción alguna en el desempeño de aquellas. No obstante, el director deberá oír al Consejo Consultivo en aquellas propuestas que éste le realice en el ejercicio de sus funciones.
Es nombrado por decreto del Gobierno Vasco, por un periodo de cuatro años y sólo cesará antes de la expiración de su periodo a petición propia o bien por separación, previa instrucción de expediente, acordada por el Consejo de Gobierno, siendo necesariamente oído el Consejo Consultivo. Esta separación únicamente podrá ser acordada por incumplimiento grave de sus obligaciones, incapacidad sobrevenida para el ejercicio de su función, incompatibilidad o condena por delito doloso.
Tiene la consideración de alto cargo y está sometido al régimen de incompatibilidades de los altos cargos de la Administración de la Comunidad Autónoma.
El actual Director de la Agencia Vasca de Protección de Datos es D. Iñaki Vicuña de Nicolás, nombrado por Decreto 81/2008, de 6 de mayo, de la Vicepresidencia del Gobierno Vasco (BOPV nº 90, de 14 de mayo de 2008)
