La Agencia Vasca de Protección de Datos es un ente de derecho público, con personalidad jurídica propia y plena capacidad pública y privada. Actúa con plena independencia de las administraciones públicas en el ejercicio de sus funciones.
La Agencia Vasca de Protección de Datos, cuando ejerce potestades administrativas, sujeta su actividad a la Ley 30/1992, de 26 de noviembre, de Régimen Jurídico de las Administraciones Públicas y del Procedimiento Administrativo Común. En el resto de su actividad se somete a lo dispuesto en la Ley Orgánica 15/1999, de 13 de diciembre, de Protección de Datos de Carácter Personal, en la Ley 2/2004 del Parlamento Vasco y en las disposiciones de desarrollo de las mismas.
En materia de adquisiciones patrimoniales y contratación, la Agencia Vasca de Protección de Datos esta sujeta al derecho público. Sus bienes y derechos pertenecen al patrimonio de la Comunidad Autónoma del País Vasco.